L’ancien directeur général olympien conteste depuis longtemps le versement d’une somme de 15 180 338,52 euros à la SA Olympique de Marseille, « en réparation du préjudice économique subi », suite à sa condamnation dans l’affaire d’abus de biens sociaux citée plus haut, explique France 3 PACA. L’affaire est complexe. En 2014, la cour d’appel d’Aix-en-Provence a notamment confirmé la décision de saisie des parts sociales de sa société Foot Conseil, indiquant que Bernes « perçoit des revenus colossaux et qu’il a rendus inaccessibles pour ne pas exécuter sa condamnation ».
Or, un mandataire judiciaire, agissant au nom de la SA Olympique de Marseille, « aurait eu recours à des anciennes figures du milieu marseillais, pour tenter d’extorquer une commission occulte en échange de la minoration de la dette auprès de Jean-Pierre Bernes ». Il a été mis en examen, en octobre 2015, placé en détention provisoire, puis libéré sous contrôle judiciaire. Le média indique enfin que « le Tribunal de commerce de Marseille, a rendu, début juin, une ordonnance de médiation judiciaire qui suspend toutes les procédures, afin de rechercher une solution ».