L'inter-saison voit les arrivées de plusieurs internationaux comme Givet, Ziani, Zenden et la signature définitive de Cissé. Côté départs, on note celui de Pagis mais aussi et surtout celui de Ribery pour le Bayern de Munich, ce qui rapporte une somme rondelette au club marseillais.
Néanmoins, l'OM vit un mauvais début de saison ce qui vaut sa place à Albert Emon fin septembre. Son remplaçant, Éric Gerets, réalise l'exploit de gagner à Liverpool pour son premier match. Il redresse petit à petit et l'équipe finit sur le podium après une dernière journée échevelée. Par contre, les Olympiens ne franchissent pas la phase de poule de la Ligue des Champions puis se font rapidement éliminer par le Zenit Saint-Petersbourg (futur vainqueur) en Coupe de la l'UEFA. L'élimination par Carquefou (un club de CFA2) en Coupe de France restera aussi comme l'une des plus grandes humiliations de l'histoire du club.

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